雨后小麦可以留种，但是其质量不及正常种子。
下雨后收获的小麦，其水分含量较高，即使晾干也会导致小麦发芽率受影响，因为小麦籽粒吸收水分后，α-淀粉酶会发生活化反应，从而导致籽粒内营养物质被消耗，后续发芽所需养分不足。
如果麦穗中间存在霉菌，一旦遭遇阴雨天气，霉菌会迅速增殖并形成黑色霉层，严重时会导致小麦烂种。
一、雨后的小麦能不能留种
雨后收获的小麦在晒干之后，控制好麦种的水分含量，也可以留种，但是小麦种子的质量不如正常种子。原因如下：
1、在下雨过后收获的小麦，水分含量较大，种子容易萌动，后续即使经过晾干处理，发芽率也会受到一定影响。
2、麦穗中间存在有霉菌，一旦遭遇阴雨天气，湿度提高，霉菌会迅速增殖，在麦穗外层形成黑色霉层。严重时，会引起小麦烂种。
3、小麦籽粒在吸收水分后，α-淀粉酶发生活化反应，在其他酶促反应协同作用下，小麦籽粒内的营养物质被消耗，后续种子发芽过程中所需的养分不足，从而导致种子发芽率降低。
二、小麦被虫子咬了还能种吗
1、小麦被虫子咬了能种，但会降低发芽率，影响产量，所以最好选择完整的种子。
2、在选种时需把被虫蛀过的、干瘪的、空壳的种子去除，放在盘子中清洗干净，加满水，浸泡8-10小时左右，到种子吸饱水份泡软，可以看到小麦种子的胚芽长出来即可播种。
